为保证南水北调供水水质，微山县还投资6877万元建成了日处理污水4万吨、生产回用水2万吨的污水处理厂。县污水处理厂增加了除磷脱氮、完善污泥处理等设施，使城区污水全部进入污水处理厂进行处理。目前，与污水处理厂向配套的县城区小新河综合治理工程，包括截污导流工程、中水回用工程、清淤护坡、桥梁整治、亮化、绿化、人行道修复工程已基本完工。

　　该县还投入绿化建设资金700余万元，实施了104国道城区段的绿化改造工程，在县城人居集中区建成两片街头绿地，积极实施大树进城工程，不断完善城区绿化体系建设。为有效改善城区投资居住环境，投资1700万元实施了夏镇航道河综合治理工程，在航道河两侧建成了绿色长廊。县园林管理处对城区各单位庭院绿化进行了摸底建档，为创建花园式单位建设提供绿化指导，目前共建成省级花园式单位4个，市级花园式单位13个，市级绿化先进单位38个。